Podstawą antyterrorystycznej polityki UE pozostaje efektywny multilateralizm. W tym kontekście UE prowadzi intensywny dialog z krajami trzecimi oraz organizacjami regionalnymi promując przyjęte przez ONZ dokumenty dot. walki z terroryzmem. Kwestie te są nieodłączną częścią stosunków zewnętrznych UE m.in. poprzez odpowiednie włączanie klauzul antyterrorystycznych w porozumieniach z krajami trzecimi.

UE angażuje się wraz z innymi organizacjami międzynarodowymi i regionalnymi w poszukiwanie synergii i zapewnienie komplementarności sposobów postępowania. W związku z tym nawiązano nieformalne kontakty z NATO i Unią Afrykańską. Ponadto kwestia walki z terroryzmem zajmuje istotne miejsce w działaniach UE w ramach inicjatyw regionalnych, w tym EUROMED (państwa basenu Morza Śródziemnego). Kwestia zwalczania terroryzmu znajduje się również w regularnym programie kontaktów UE w ramach inicjatywy ASEM - Asia-Europe Meeting i kontaktów z ASEAN.

Wybrane instytucje i struktury Unii Europejskiej zajmujące się kwestiami walki z terroryzmem:

Rada Unii Europejskiej podejmuje wszelkie istotne decyzje, odnoszące się m.in. do przeciwdziałania i zwalczania terroryzmu oraz zapobiegania finansowaniu terroryzmu. Przyjęte przez Radę UE dokumenty, opublikowane w Dzienniku Oficjalnym Unii Europejskiej mają moc obowiązującą we wszystkich państwach członkowskich UE. Funkcję monitorującą i doradczą wobec Rady UE w zakresie walki z terroryzmem pełni Sekretariat Rady UE.
W odpowiedzi na zamachy bombowe w Madrycie (25 marca 2004 r.) w ramach UE powołano Koordynatora ds. Zwalczania Terroryzmu - The Counter-Terrorism Coordinator (CTC). Stanowisko CTC zostało umiejscowione w Sekretariacie Rady UE. Zadaniem Koordynatora jest wzmacnianie i koordynacja wszystkich instrumentów znajdujących się w dyspozycji UE oraz monitoring implementacji Strategii UE ws. Zwalczania Terroryzmu. Wewnątrz Sekretariatu Rady Unii Europejskiej od 2001 r. działa Wspólne Centrum Sytuacyjne - The Joint Situation Center (SITCEN), którego głównym zadaniem jest wspieranie Komitetu Polityki i Bezpieczeństwa - The Political and Security Committee (PSC) i dostarczanie mu informacji w warunkach dostosowanych do zarządzania kryzysowego. SITCEN jest odpowiedzialne za wymianę i analizę danych dotyczących zagadnień bezpieczeństwa wewnętrznego i zewnętrznego, w tym terroryzmu.

W ramach II filaru UE instytucjami zajmującymi się problematyką terroryzmu są:

• Rada ds. Ogólnych i Stosunków Zewnętrznych - The General Affairs and External Relations Council (GAERC),
• Komitet Polityczny i Bezpieczeństwa  - The Political and Security Committee (PSC),
• Pozioma Grupa Robocza ds. Terroryzmu - Working Party on Terrorism - International Aspects (COTER),
• Grupa Robocza dot. Stosowania Szczególnych Środków w Zwalczaniu Terroryzmu - The Common Position 931 Working Party (CP 931 WP) on the application of specific measures to combat terrorism.

W ramach III filaru Rada Sprawiedliwości i Spraw Wewnętrznych - The Justice and Home Affaires Council (JHA) (unia policyjno-sądownicza - współpraca policyjna i sądowa w sprawach karnych) koordynuje współpracę w obszarze Wymiaru Sprawiedliwości i Spraw Wewnętrznych, w tym wspólne rozwiązywanie problemów imigracji, przestępczości zorganizowanej, terroryzmu i patologii społecznej.

Ponadto w III filarze za sprawami walki z terroryzmem zajmują się:

• Komitet Koordynacyjny ds. Współpracy Policji i Sądowej w Sprawach Karnych (Komitet art. 36 Traktatu UE) - The Article 36 Committee (CATS),
• Grupa Robocza ds. Terroryzmu - The Working Party on Terrorism Group (WPT),
• Grupa Robocza ds. Ochrony Cywilnej - The Working Party on Civil Protection (WPCP),
• Strategiczny Komitet ds. Migracji, Granic i Azylu - The Strategic Committee on Immigration, Frontiers and Asylum (SCIFA).

Spośród niezależnych agencji UE zajmujących się m.in. przeciwdziałaniem i zwalczaniem terroryzmu należy wymienić EUROPOL, EUROJUST oraz FRONTEX.

Współpraca wybranych państw unijnych poza strukturami UE jest zorganizowana m.in. w ramach Grupy G-6, zrzeszającej szefów resortów spraw wewnętrznych Francji, Hiszpanii, Niemiec Wielkiej Brytanii, Włoch oraz Polski. Celem G-6 jest współdziałanie w dziedzinach szczególnie istotnych dla bezpieczeństwa wewnętrznego, w tym w zakresie zagrożeń terrorystycznych. Polska dołączyła do tej Grupy w marcu 2006 r. We wrześniu 2007 r. Polska objęła przewodnictwo w grupie G-6, w trakcie którego w październiku 2007 r. w Sopocie przyjęto wspólną deklarację dot. zacieśniania współpracy m.in. na rzecz zwalczania terroryzmu i przestępczości zorganizowanej.