W roku 1939 zbiory Seminarium zarekwirowało „Reichsvereinigung der  Deutschen Juden“, organizacja która przejmowała majątki instytucji żydowskich. W roku 1944 cały księgozbiór został wywieziony poza Wrocław. Po zakończeniu działań wojennych jego część, ukrytą w Kłodzku, władze polskie przekazały do Żydowskiego Instytutu Historycznego w Warszawie, inną część przechwyciły wojska radzieckie i wywiozły do ówczesnego ZSRR. Natomiast zespół odnaleziony po 1945 roku w czeskich Sudetach trafił do biblioteki uniwersyteckiej w Pradze (ob. Biblioteki Narodowej). Przez lata pozostawał tam nierozpoznany. Dopiero w latach 90tych prace nad nim podjęli hebraiści czescy i specjaliści z biblioteki uniwersyteckiej w Jerozolimie. Zidentyfikowano 34 manuskryptów i 6 inkunabułów pochodzące z dawnego wrocławskiego Seminarium.

Gmina Żydowska we Wrocławiu, spadkobierczyni Seminarium Teologicznego, w kwietniu 2003 roku zwróciła się do Ministerstwa Spraw Zagranicznych z prośbą o pomoc w odzyskaniu księgozbioru odnalezionego w Pradze. Strona czeska zadeklarowała chęć zwrotu. W oparciu o stosowną umowę przekazanie przez stronę czeską 40 zabytków zidentyfikowanych w Bibliotece Narodowej odbyło się w Pradze w czasie oficjalnej wizyty Prezydenta RP w dniu 7 grudnia 2004 r. Zaraz potem rękopisy i inkunabuły przekazane zostały do Wrocławia. Gmina Żydowska złożyła je w depozycie w Bibliotece Uniwersyteckiej.

Oprac. M. Kuhnke