W lipcu 2006 r. Prezes Rady Ministrów RP udzielił Wicepremierowi i Ministrowi Spraw Wewnętrznych i Administracji pełnomocnictw do koordynowania prac rządu w zakresie zapobiegania, wykrywania i zwalczania terroryzmu. W październiku 2006 r. decyzją Prezesa RM powstał Międzyresortowy Zespół ds. Zagrożeń Terrorystycznych (MZZT), działający pod kierunkiem
MSWiA, do którego zadań należy koordynacja prac rządu w zakresie zapobiegania, wykrywania i zwalczania terroryzmu. W pracach i spotkaniach MZZT uczestniczą przedstawiciele KPRM, BBN, MON, MSZ, MF, MS, ABW, AW, SWW, SKW, BOR, KGP, KGSP, KGSG, ŻW i Służby Celnej.
Realizując postanowienia Ustawy o Zarządzaniu Kryzysowym z 2007 r. we wrześniu 2008 r. powołano Rządowe Centrum Bezpieczeństwa (RCB), którego celem jest stworzenie sprawnego i efektywnego systemu zarządzania kryzysowego. RCB dąży do podwyższenia stopnia zdolności reagowania właściwych służb i organów administracji publicznej na sytuacje kryzysowe, także w sytuacjach, gdy standardowe instrumenty i procedury działania okazują się niewystarczające. Działalność RCB służy ciągłemu usprawnianiu i optymalizacji procesu zarządzania kryzysowego w Polsce.
W Polsce instytucją bezpośrednio zaangażowaną w przeciwdziałanie i zwalczanie zagrożeń terrorystycznych jest Agencja Bezpieczeństwa Wewnętrznego (ABW). W ramach ABW w październiku 2008 r. zostało utworzone Centrum Antyterrorystyczne (CAT), jako ośrodek koordynujący działania w zapobieganiu i zwalczaniu terroryzmu.
W kwietniu 2008 r. decyzją Prezesa RM powstał Międzyresortowy Zespół ds. Zapobiegania Nielegalnemu Rozprzestrzenianiu Broni Masowego Rażenia, działający pod kierunkiem MSZ. Celem Zespołu jest śledzenie obecnych tendencji w dziedzinie proliferacji BMR i działań wspólnoty międzynarodowej w ramach Inicjatywy Krakowskiej – The Proliferation Security Initiative (PSI) oraz Globalnej Inicjatywy Zwalczania Terroryzmu Jądrowego – The Global Initiative to Combat Nuclear Terrorism (GICNT) m.in. pod kątem zagrożeń terrorystycznych.
